第三セクターとは？仕組み・公営企業との違いと赤字経営の実態を2026年最新データで解説

第三セクターとは、国や地方自治体などの公的主体（第一セクター）と民間企業（第二セクター）が出資し、公共性の高い事業を担う法人や事業方式を指します。地域鉄道、観光施設、道の駅、都市開発など、民間企業だけでは採算を確保しにくい事業を、公的な支援と民間の経営ノウハウを組み合わせて運営する仕組みです。

ただし、第三セクターは単一の法律で定められた法人形態ではありません。総務省の統計では、自治体が出資・出えんする社団法人・財団法人や会社法法人のほか、地方三公社や地方独立行政法人も「第三セクター等」として集計されます。2026年3月に公表された令和7年度調査では、2025年3月31日時点の第三セクター等は6,947法人（地方独立行政法人を除く）で、経営状況の調査対象5,760法人のうち約4割が赤字でした。

【まず結論】第三セクターとは何か？第一・第二セクターとの違いをわかりやすく解説

第三セクターを簡単に説明すると、国や自治体と民間企業が協力して設立・運営する事業主体です。「官」と「民」がそれぞれの強みを持ち寄り、地域社会に必要なサービスや施設を維持することを目的としています。

「セクター」とは、社会や経済を構成する部門を意味します。第三セクターという名称は、行政が担う部門と民間企業が担う部門の中間に位置する官民連携の仕組みに由来します。

第一セクター・第二セクター・第三セクターの関係

それぞれの役割を整理すると、次のようになります。

• 第一セクター：国、都道府県、市区町村などの公的部門。住民サービスや公共インフラの整備を担う。
• 第二セクター：株式会社などの民間企業。利益の確保や市場競争を通じて事業を展開する。
• 第三セクター：公的部門と民間部門の資金・経営資源を組み合わせ、公共性のある事業を運営する法人。

例えば、人口減少が進む地域で鉄道を維持したい場合を考えてみましょう。

民間企業だけでは乗客が少なく、鉄道の維持費を回収できない可能性があります。しかし、地域住民にとって鉄道は通学や通院、通勤に欠かせない交通手段です。

そこで自治体が資金を出し、鉄道会社などの民間企業も出資して新しい運営会社を設立します。運賃収入を基本にしながら、自治体の政策的な支援や民間の運営能力を活用するのが第三セクター方式です。

第三セクターには法律上の統一された法人形態があるわけではない

ここで押さえておきたいのが、第三セクターは株式会社や一般財団法人のような特定の法人格の名称ではないという点です。

総務省の地方財政関連資料では、自治体が出資する会社法法人や、出えんする一般社団法人・一般財団法人などを第三セクターとして扱っています。

また、一般的な説明では自治体と民間企業の共同出資が強調されますが、統計上の定義では自治体が出資・出えんする法人も対象になります。したがって、必ずしも民間企業が出資しているとは限りません。

この違いを理解しておくと、第三セクターについてのニュースや自治体の経営資料を正確に読み取れます。

【仕組みを図解】第三セクターの設立・自治体出資と公営企業との違い

第三セクターは、自治体が単独で事業を運営するのではなく、独立した法人を設立し、その法人に事業を担わせる仕組みです。

第三セクターはどのように設立されるのか

一般的な設立の流れは次のとおりです。

1. 地域課題の把握：交通、観光、住宅、産業振興など、地域で必要とされる事業を明確にする。
2. 事業計画の策定：需要予測、必要資金、収益見込み、公共的な効果を検討する。
3. 出資者の決定：自治体、民間企業、金融機関などが出資や事業への参加を検討する。
4. 法人の設立：株式会社、一般社団法人、一般財団法人など、事業に適した法人形態を選択する。
5. 事業開始：役員や従業員を配置し、施設運営、交通サービス、観光事業などを開始する。
6. 経営状況の確認：決算、資産、負債、財政支援の状況などを定期的に検証する。

重要なのは、自治体が出資したからといって、法人の経営が自治体の通常の行政組織と同じになるわけではないことです。

株式会社であれば会社法に基づいて運営され、株主の議決権や取締役会などを通じて意思決定します。自治体と民間企業が同じ法人の経営に関与するため、公共性と収益性の両方を考慮する必要があります。

第三セクター・公営企業・地方三公社の違い

第三セクターと混同されやすいのが地方公営企業や地方三公社です。いずれも公共性の高い事業に関係しますが、組織の仕組みや設立根拠が異なります。

第三セクターと公営企業は何が違う？

両者の最大の違いは、誰が事業主体となって経営するかです。

地方公営企業は、地方自治体が自ら経営する企業です。地方公営企業法に基づき、事業の設置や経営の基本事項を条例で定めます。

同法第3条では、経営の基本原則として、経済性の発揮と公共の福祉の増進を両立させることが定められています。

一方、第三セクターは自治体とは別の法人です。民間企業の出資や経営参加を取り入れ、独立した組織として事業を運営します。

例えば、水道事業を自治体が直接経営する場合は地方公営企業ですが、自治体と民間企業が出資した株式会社が観光施設を運営する場合は第三セクター方式に該当します。

地方住宅供給公社・地方道路公社・土地開発公社は第三セクターなのか

この3法人は「地方三公社」と呼ばれます。

• 地方住宅供給公社：住宅が不足する地域などで、勤労者向け住宅や宅地の供給を担う。
• 地方道路公社：有料道路の新設、改築、維持管理などを通じて地域の道路整備を進める。
• 土地開発公社：公共施設や公共事業に必要な土地の取得、造成、管理などを担う。

これらは個別の法律に基づいて設立される法人であり、厳密には一般的な意味での第三セクターとは区別されます。ただし、総務省の調査では「第三セクター等」の一部として扱われます。

つまり、第三セクターと地方三公社は同じものではありませんが、自治体の財政や経営管理を考える際には関連する組織として扱われるのです。

なお、地方自治法施行令第152条では、自治体が資本金等の2分の1以上を出資する法人や、4分の1以上2分の1未満でも条例で定める法人などを調査対象として定めています。地方自治法第243条の3では、対象法人の経営状況を説明する書類を議会に提出する仕組みも設けられています。

【具体例で理解】第三セクターは地域交通・観光・まちづくりで活躍している

第三セクターの役割を理解するには、実際に地域で運営されている事業を見るのが分かりやすいでしょう。

① 三陸鉄道：地域の生活路線を守る第三セクター

三陸鉄道は、岩手県を走る第三セクター鉄道の代表的な存在です。

日本民営鉄道協会の鉄道用語事典では、旧国鉄の特定地方交通線を引き継いだ第三セクター鉄道の第一号として紹介されています。

地域鉄道は、通勤や通学だけでなく、通院、買い物、観光にも関係する生活インフラです。乗客数だけを基準に事業の存続を判断すると、地域住民の移動手段が失われる可能性があります。

第三セクター方式を採用することで、沿線自治体が鉄道事業の維持に関与できるようになります。

② ひたちなか海浜鉄道：自治体と民間企業の共同出資

茨城県のひたちなか海浜鉄道も第三セクターの具体例です。

同社は、ひたちなか市と茨城交通が出資して設立された鉄道事業者で、湊線を運営しています。

運行区間は勝田駅から阿字ヶ浦駅までの14.3キロメートル、全11駅です。沿線には国営ひたち海浜公園や那珂湊おさかな市場などの観光施設があります。

鉄道を単なる移動手段としてではなく、観光や地域経済を支える基盤として活用できる点が特徴です。

③ 道の駅・観光施設：地域資源を収益につなげる

第三セクターは鉄道だけではありません。道の駅、温泉施設、宿泊施設、観光施設なども代表的な事業分野です。

例えば青森市が公表している第三セクターの経営評価対象には、道の駅「アップルヒル」を運営する株式会社アップルヒルがあります。2026年4月1日時点で同市の出資比率は75％です。

自治体が地域の施設や資源を活用し、民間的な経営手法を取り入れる事例といえます。

④ 地域開発・住宅・道路整備

都市開発や住宅供給、道路整備なども、自治体が関連法人を通じて進めることがある分野です。

特に土地開発公社は、公共施設や道路などの整備に必要な土地を先行取得する役割を担います。自治体が必要な土地を確保しやすくする一方、取得した土地を長期間保有すると、金利負担や土地価格の変動が財政上の問題になることがあります。

第三セクターや地方三公社の設立目的は、単純に会社を増やすことではありません。行政だけでは対応しにくい事業を、専門性や民間資本を活用して実施することにあります。

【メリット・デメリット】第三セクター方式は本当に地域にとって有利なのか

第三セクター方式には、自治体の行政能力を補い、民間企業の経営力を取り込めるという利点があります。一方、官民が同じ法人に関与するからこそ生じる難しさもあります。

第三セクターのメリット

1. 民間企業の経営ノウハウを活用できる

行政組織だけで事業を運営する場合、予算や人員配置、意思決定などに一定の制約があります。第三セクターなら、民間企業の営業力、商品開発力、施設運営の経験などを活用できます。

2. 自治体の資金負担を分散できる

民間企業や金融機関などが出資者となれば、事業に必要な資本を自治体だけで負担する必要がなくなります。複数の自治体が参加することで、広域的な事業を進めやすくなる場合もあります。

3. 公共性の高い事業を継続できる

地域鉄道や観光施設など、民間企業だけでは採算が合わない事業でも、公共的な必要性を踏まえて運営できます。

4. 地域経済の活性化につながる

観光客の誘致、地元産品の販売、地域雇用の創出など、事業活動を通じて地域に経済効果を生み出せます。

第三セクターのデメリット

1. 経営責任の所在が曖昧になりやすい

自治体は公共性を重視し、民間企業は収益性を重視する傾向があります。経営判断で意見が対立した場合、最終的な責任の所在が分かりにくくなる可能性があります。

2. 民間企業のような経営改善が進まない場合がある

自治体からの支援を受けられるという期待が強くなると、赤字事業の縮小や撤退など、厳しい経営判断が先送りされることがあります。

3. 自治体財政に負担が及ぶ可能性がある

出資金だけでなく、補助金、貸付金、損失補償、債務保証などの形で自治体が関与している場合、法人の経営悪化が自治体の財政リスクにつながります。

4. 需要予測が外れると長期的な負担が残る

観光施設や大型開発では、当初の利用者数や売上見込みを達成できない場合があります。建設費や維持管理費が大きい事業では、経営改善が難しくなることもあります。

第三セクターが向いている事業・慎重に検討すべき事業

第三セクター方式が適しているのは、公共的な必要性が明確で、民間の専門性や運営能力を生かせる事業です。

• 向いている事業：地域交通、広域観光、地域資源の活用、複数自治体が関係する公共サービスなど。
• 慎重な検討が必要な事業：需要予測が不確実な大型観光施設、維持管理費が過大な施設、補助金がなければ事業継続が難しい事業など。

設立そのものが成功なのではありません。事業の必要性、収益構造、責任分担、撤退条件まで明確にできるかが判断の分かれ目です。

【2026年最新】第三セクターの赤字経営の実態と自治体財政への影響

第三セクターをめぐる議論で特に注目されるのが、赤字経営と自治体の財政負担です。

総務省は「第三セクター等の状況に関する調査」を実施し、法人の数や業務分野、経営状況、財政的支援などを調べています。

2025年3月31日時点の全国調査で分かったこと

2026年3月に公表された令和7年度調査では、全国の第三セクター等は6,947法人でした。前回調査から80法人減少しています。

ただし、単純に法人が減ったというだけではありません。同じ調査期間には86法人が新設され、144法人が廃止され、統合や自治体の出資引き揚げも発生しています。

経営状況の調査対象となった5,760法人については、次のような結果が報告されています。

• 経常黒字：3,503法人（60.8％）
• 赤字：2,257法人（39.2％）
• 債務超過：235法人（4.1％）
• 調査対象全体：5,760法人

ここで注意したいのは、6,947法人すべてが経営状況の調査対象ではないという点です。経営状況については、自治体の出資割合や財政的支援の有無などの条件に該当する法人を対象としています。

赤字率が高い業種と債務超過が多い業種は異なる

業務分野別に見ると、経営状況には大きな違いがあります。

経常赤字の割合が最も高かったのは社会福祉・保健医療分野の56.9％でした。一方、情報処理分野では経常黒字の割合が85.1％となっています。

さらに注目したいのが債務超過の割合です。観光・レジャー分野は12.2％で最も高く、運輸・道路分野も7.8％でした。全体の4.1％と比較すると、観光・レジャー分野の財務上の厳しさが浮かび上がります。

これは、赤字と債務超過が同じ意味ではないことを示しています。

• 経常赤字：その年度の通常の事業活動などで、経常費用が経常収益を上回っている状態。
• 債務超過：負債が資産を上回り、純資産がマイナスになっている状態。

単年度の赤字でも、十分な資産や資金があれば事業を継続できる場合があります。しかし、債務超過が長期間続けば、資金調達や事業継続が難しくなります。

2026年に見るべき自治体の財政リスク

第三セクターの経営悪化は、自治体の支出に直接反映される場合だけでなく、将来の負担として表面化する場合もあります。

総務省の調査に基づく2026年10月の分析では、2024年度決算データを用いた別枠の財政リスク調査で、対象943法人のうち254法人が経営健全化方針の策定要件に該当していました。これは対象法人の26.9％に当たります。

この数字は、単純な赤字法人の数とは異なります。自治体がどの程度の財政リスクを抱えているかを検証するための調査です。

つまり、2026年時点の第三セクター問題は、赤字法人が存在するというだけでなく、経営不振が自治体の将来負担にどのようにつながるかという点にあります。

【経営健全化の核心】補助金・損失補償と自治体が取るべき対策

第三セクターの経営を考えるうえで、もう一つ重要なのが自治体からの財政支援です。

自治体が第三セクターに関与する方法には、出資、補助金、貸付金、損失補償、債務保証などがあります。これらは同じ支援ではなく、自治体財政への影響も異なります。

補助金・貸付金・損失補償・債務保証の違い

補助金は、一定の事業や目的に対して自治体が交付する資金です。原則として適正な交付条件のもとで使われ、返済を前提としません。地域交通の維持や観光振興など、公共的な政策目的を支えるために利用されます。

貸付金は、自治体が法人に資金を貸し付ける仕組みです。返済を前提としますが、経営悪化によって返済が滞れば、自治体側に債権回収上のリスクが生じます。

損失補償は、第三セクターなどが金融機関から借り入れた場合に、契約で定めた条件に従って自治体が金融機関などの損失を補償する仕組みです。

債務保証は、法人が債務を履行できなくなった場合などに、保証契約に基づいて自治体が債務の履行を保証する仕組みです。

特に損失補償と債務保証は、契約を結んだ時点で直ちに現金が支出されるわけではありません。しかし、法人が返済不能に陥れば、自治体に大きな財政負担が生じる可能性があります。

自治体の補助金に依存する第三セクターの実態

総務省の令和7年度調査に関する公表データを分析した2026年の報告では、経営状況の調査対象5,760法人のうち、46.2％が自治体から補助金の交付を受けていました。

また、損失補償・債務保証を受けている法人は全体の6.8％です。分野によって財政支援の形態にも違いがあり、運輸・道路や地域・都市開発などでは自治体の関与が重要な役割を果たしています。

補助金を受けていることだけで、経営が悪いとは判断できません。公共交通の維持など、社会的な便益が大きくても運賃収入だけでは費用を賄えない事業があるためです。

問題になるのは、補助金の投入によって何が改善したのかが分からず、赤字を埋めるだけの支援が続いてしまう場合です。

2026年の経営健全化で重視すべき5つのポイント

総務省は2014年に「第三セクター等の経営健全化等に関する指針」を示し、経営状況の把握や抜本的な改革を含めた取り組みを求めています。

さらに2018年、2019年には、財政的なリスクが存在する法人について、経営健全化方針の策定や取り組み状況の公表を促す通知が出されています。

経営健全化を実現するためには、次の5点が重要です。

1. 収益構造の見直し：利用料金、物販売上、施設使用料、受託事業など、収入源を分析する。
2. 固定費の削減：人件費、施設維持費、借入金利など、長期的な負担を見直す。
3. 経営責任の明確化：自治体と民間株主の役割、取締役の責任、経営判断の手続きを明確にする。
4. 財政支援の透明化：補助金や貸付金、損失補償などの金額と目的を公表する。
5. 撤退・統合の判断：事業継続が困難な場合は、統合、譲渡、事業転換、清算なども検討する。

赤字だから解散とは限らない。事業の役割を見直すことも必要

第三セクターの廃止は、必ずしも経営破綻だけが理由ではありません。

2025年3月31日時点の総務省調査では、令和5年度・令和6年度の2年間に144法人の廃止が確認されています。2026年10月に公表された調査データの分析によると、観光・レジャー分野で廃止された28法人の理由には、経営不振だけでなく、指定管理者制度の活用によって業務がなくなったケースや、自治体の直営事業に移行したケースも含まれていました。

また、2026年度には兵庫県の観光施設・生野銀山を運営する株式会社シルバー生野が、筆頭株主である三菱マテリアルの事業撤退に伴い解散し、今後は朝来市が運営を担うことになったと報じられています。

この事例は、第三セクターの存続が民間株主の事業判断にも左右されることを示しています。法人を残すこと自体が目的になるのではなく、地域に必要なサービスをどの組織が担うべきかを判断することが大切です。

経営健全化とは、単純に赤字をなくすことではありません。地域に必要な事業を、住民負担と財政リスクを適切に管理しながら持続させることです。

【第三セクターの仕組みと経営】に関するよくある質問（FAQ）

Q1：第三セクターは国や自治体が経営する会社ですか？
A1：必ずしもそうではありません。自治体と民間企業などが出資する独立した法人で、株式会社や一般社団法人、一般財団法人などの形態があります。自治体の出資比率や民間企業の参加状況によって経営への関与の程度も異なります。

Q2：第三セクターは赤字でも運営を続けられるのですか？
A2：赤字でも事業を継続することは可能です。地域交通や公共性の高い施設などは、利益だけでは評価できない社会的な役割を担っています。ただし、赤字が長期化し、債務超過や資金繰りの悪化が進む場合は、経営改善や事業再編が必要になります。

Q3：第三セクターが倒産したら自治体が借金を全額負担するのですか？
A3：必ずしも全額を負担するわけではありません。株式会社などでは、原則として出資者の責任は出資額の範囲に限られます。ただし、自治体が損失補償や債務保証をしている場合、貸付金を回収できない場合などは、契約や法的条件に応じて追加の財政負担が発生する可能性があります。

第三セクターとは、自治体などの公的主体と民間企業の資金や経営資源を組み合わせ、公共性の高い事業を担う法人・事業方式です。地域鉄道、観光施設、道の駅、都市開発など、行政だけでも民間企業だけでも対応が難しい分野で活用されています。

一方で、官民の経営目的が異なるため、責任の所在が曖昧になったり、補助金や損失補償への依存が続いたりする問題もあります。

2026年の最新調査では、経営状況の調査対象5,760法人のうち約4割が赤字であり、債務超過や自治体の財政的リスクも引き続き検証すべき課題となっています。

第三セクターの経営を評価するときは、次の3つの視点が欠かせません。

• 公共性：地域住民にとって、その事業を継続する必要性があるか。
• 経営健全性：補助金に依存しすぎず、現実的な収益・支出計画を維持できるか。
• 財政の透明性：自治体の出資、補助金、貸付金、損失補償などが適切に公開されているか。

第三セクターは、赤字だから失敗、黒字だから成功と単純に判断できる組織ではありません。公共的な役割と財政負担のバランスを見極め、地域に必要なサービスを将来にわたって維持できるかどうかが、本当の評価基準です。

住民にとっても、自治体の予算書や第三セクターの決算資料、経営健全化方針を確認することは、地域の将来と税金の使い道を考えるうえで重要な手がかりになります。

関連：第 3 セクター｜キャニスターとは｜ニュースレターとは